Primer Gobierno

Regresó a Buenos Aires en abril de 1820, tras enterarse de la caída del Directorio, en medio de la llamada anarquía del año 20. Fue rehabilitado y recibió el mando de un batallón. Cuando el gobernador Miguel Estanislao Soler fue derrotado por Estanislao López en la batalla de Cañada de la Cruz, tomó el control de los ejércitos de la capital y fue nombrado gobernador el 29 de junio. Salió a campaña a perseguir a López y sus aliados, José Miguel Carrera y Carlos María de Alvear, a quienes derrotó en San Nicolás de los Arroyos. Después invadió la provincia de Santa Fe y derrotó a López en una pequeña batalla en Pavón. Pocos días después, fue derrotado completamente en la Batalla de Gamonal.
El 20 de septiembre fue depuesto en ausencia por la legislatura, que nombró en su lugar a Martín Rodríguez. Desde el frente se retiró a su quinta en San Isidro. Fue deportado brevemente en octubre de 1821 a la Banda Oriental.
De regreso ayudó a aplastar la "revolución de los Apostólicos", dirigida por Gregorio García de Tagle, a quien logró capturar; pero lo dejó huir. Acto notable, porque Tagle era el ministro que había firmado su destierro y prácticamente su condena a muerte junto a Pueyrredón en 1816.