El jefe de la oposicion

En octubre de 1823 se incorporó a la legislatura provincial, y se puso al frente de la oposición federal al gobierno dirigido por Bernardino Rivadavia. A diferencia de los unitarios porteños, encarnaba los intereses de la población de gauchos del campo y de la gente pobre de los barrios porteños. Hizo una fuerte campaña presionando al gobierno a declarar la guerra a Portugal, para liberar la Banda Oriental; no tuvo éxito ante la cerrada defensa del partido del gobierno, que incluso lo excluyó de la reelección. De todos modos, junto con su hermano Luis apoyaron la campaña libertadora de los Treinta y Tres Orientales.
Se embarcó en un mal negocio de minería, lo que lo llevó a hacer un viaje al Alto Perú; allí fue partícipe de las entrevistas habidas entre Simón Bolívar y Carlos de Alvear por Tarija. Se entusiasmó con los planes del primero para crear una Federación Americana. Y le pidió ayuda para expulsar a los portugueses de la Banda Oriental, en términos de una adulación insólita para un personaje con una actitud tan independiente como Dorrego.
En su viaje de regreso se puso en contacto con el caudillo santiagueño Juan Felipe Ibarra, que lo puso en contracto con los federales del interior y lo hizo elegir diputado al Congreso Nacional. Allí se mostró contrario a la política del presidente Rivadavia por el centralismo de la misma. Al discutirse la Constitución de 1826 debatió sobre la forma de Gobierno y el derecho al sufragio. Desde el periódico "El Tribuno" atacó las medidas centralizadoras de Rivadavia, ganando prestigio en las provincias, en donde se lo consideraba un dirigente federalista de Buenos Aires. Influyó con su prédica en la crisis que culminó con la renuncia de Rivadavia a la Presidencia de la Nación. El Partido Unitario lo consideraba un traidor porque siendo Dorrego de clase patricia porteña, representaba para la metrópoli lo que había representado antes José Artigas, el político capaz de unir a la ciudad con las masas populares.
Cuando se le objetó que el federalismo era imposible dada la pobreza de las provincias, respondió que éstas podían ser económica y administrativamente viables, si se agruparan en grupos más grandes. defendió el derecho a voto de los "criados a sueldo, peones jornaleros y soldados de línea", argumentando:
"¿Es posible esto en un país republicano? ¿Es posible que los asalariados sean buenos para lo que es penoso y odioso en la sociedad, pero que no puedan tomar parte en las elecciones?... Yo no concibo cómo pueda tener parte en la sociedad, ni como pueda considerarse miembro de ella a un hombre que, ni en la organización del gobierno ni en las leyes, tiene una intervención..."