Regreso a Buenos Aires

Luego de refutar victoriosamente uno a uno los cargos que le hicieron, el coronel Dorrego regresó a Buenos Aires el 6 de abril de 1820. El día 11, el gobernador Sarratea dictó un decreto declarándolo "buen servidor e inocente de falsas imputaciones", reconociéndole su empleo militar y el derecho a percibir los sueldos correspondientes al tiempo que duró el destierro.
En junio y julio de 1820 luchó contra el motín de Pagola y una junta electoral le dio el poder de gobernador interino. Peleó contra el chileno Carrera, Alvear y Estanislao López, y venció. Sin embargo el gobernador Martín Rodríguez lo confinó a Mendoza en marzo de 1821, sin razón aparente. Dorrego se refugió en la Banda Oriental, de donde volvió en marzo de 1823, en momentos de producirse la revolución del Dr. Gregorio Tagle contra Rivadavia. Este le dio mando de tropas y Dorrego actuó en la represión de los rebeldes.
En setiembre de 1823 fue elegido representante a la Legislatura y al año siguiente resultó reelecto. Desde su banca alegó por la causa de la Banda Oriental, contra la opresión y política portuguesa. Era ya, según el ministro norteamericano John Murray Forbes, el jefe militar del "partido patriota o popular". En momentos en que Rivadavia se compromete con los capitalistas y financistas británicos, Dorrego aboga por una empresa de minas nacional, junto con Facundo Quiroga y Braulio Costa.